无论是在室内还是在室外场景都会遇敌，遇敌后进行战斗的画面是第一人称方式。游戏遇敌用的是踩地雷法，战斗则采用回合制方式进行。画面的中央显示当前所遇到的敌人，正上方显示敌人的数量，一次只能遇到一种敌人（特殊情况除外），可能会连续遇敌。
下面介绍一下，战斗状态下的菜单的使用：
FIGHT
选择队员的战斗指令。每回合选择此项后按队员的顺序选择战斗指令，完成确认后进行战斗。可选的战斗指令有很多，下面对其进行逐一介绍：
- SWORD：使用冷兵器进行物理攻击，只有装备了刀剑这类的武器的队员才能进行物理攻击。至于有哪些武器能用来装备可参见后面的部分。
- GUN：使用枪进行物理攻击，只有装备了枪的队员才可以用这条指令。至于有哪些枪能用来装备可参见后面的部分。
- ATTACK：由于仲魔不能装备武器，让它们进行普通物理攻击就用ATTACK。
- COMP：此条指令为主角专用，执行主角电脑中的程序命令。注意战斗途中只能使用改变次序、仲魔召唤和恶魔资料检索三条程序指令。
- MAGIC：使用魔法，在平时和战斗指令菜单中都有这条。对于具体可以使用的魔法请参见后面的部分。需要注意，平时只能使用回复类或解除不良属性类魔法，到了战斗中才可以使用攻击魔法。
- EXTRA：发动特殊魔法，仲魔专用，大多数仲魔都有自己独特的魔法作为绝招可以在战斗中发挥出来。SFC版的特殊魔法在战斗中是自动选择的，PS版在战斗中可以自行选择发动哪一条特殊魔法。
- ITEM：在战斗的途中使用物品。可在战斗途中使用的物品包括进行回复的物品、消除不良属性的物品和用于对付恶魔的物品。
- DEFEND：进入防御状态，战斗中选择这条指令的队员在当前回合不会采取任何行动，但自身的防御力会暂时提高。
ESCAPE
从战斗途中逃跑。当感觉敌方的实力过于强大或己方当前的状态不佳时，选择这条就可以脱离战斗。注意：逃跑会有一定几率的失败，如果主角速度较低或己方等级比敌方等级差距较大，逃跑失败的几率就很大，逃跑失败后会遭到敌方的反击。如果在连续遇敌的情况下，在已经打败过几组恶魔后的情况下逃跑，则前面击败恶魔所得到的经验等都会丢失。在某些特定的战斗中无法逃跑。
TALK
跟恶魔交谈，具有女神系列特色的设定之一。通过对话的方式劝说恶魔加入自己的仲魔行列，加入的恶魔以后可以用于战斗或合成。注意只有在主角自己处于正常状态的情况下才能使用这条指令，而且有时候会发现这条指令会失效（具体原因仍不是很清楚），这时只能过一段时间再使用。如果对话的恶魔已经收录过，这次战斗就会自动过去，有时甚至能得到一点奖励，不过也有时可能会失效。
当然，恶魔是不会随随便便就能被说服的，要结合恶魔的特点根据它对你说话的反应来进行应对（这里看懂对话的内容是非常重要的，不过也可以完全凭经验和感觉），否则把恶魔惹恼了就会进行战斗，有时恶魔会提出一些交换条件如钱、MAG、物品等（一般会连续提出多次条件），如果不答应或自己不具备这个条件也会进行战斗。在这里提几个要注意的地方：在自己已经确定自己属性的情况下，无论怎样都无法说得和自己属性相反的恶魔；某些特定种类的恶魔也无法加入，这点要看对话中选择让其加入后恶魔的反应是否异常；比自己等级高的恶魔，一般情况下是无法说得的。由于恶魔的种类繁多，再加上这方面的随机性很大，很难找到一种通用的成功法，只能到时根据情况随机应变。
补充一点，在PS版的游戏中，如果遇到自己已经收录过的恶魔的时候仍然坚持将恶魔打败而不是用交谈直接过去，这样的事情发生过一定次数后，队中的这个仲魔会自动离队。
AUTO
自动战斗。如果在某一回合选择这条，从此后每回合都自动按照自动按照上一回合的指令来战斗，直到战斗结束为止。注意：选择自动战斗前要慎重，因为一旦确定使用，这场战斗往后都按自动处理，即使己方队员支撑不住也不会停止战斗，直到游戏结束，在对自己实力不是很有信心的情况下还是别用为妙。此外，SFC只会自动复制非魔法攻击的指令，而PS版什么类型的攻击指令都可以自动复制（如果队员选择魔法攻击，要注意MP剩余量）。